Η Εθνική Άμυνα της Ελλάδας σχεδιάζεται, αποφασίζεται και υλοποιείται στο πλαίσιο ενός ευρύτερου θεσμικού, πολιτικού και στρατιωτικού, πλαισίου που περιλαμβάνει:
α) Τη Διαρκή Επιτροπή Εθνικής Άμυνας και Εξωτερικών Υποθέσεων της Βουλής, η οποία είναι αρμόδια για την επεξεργασία, εξέταση και ψήφιση νομοσχεδίων και προτάσεων νόμων, αρμοδιότητας του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας.
β) Το Κυβερνητικό Συμβούλιο Εξωτερικών και Άμυνας (ΚΥ.Σ.Ε.Α.), του οποίου προεδρεύει ο Πρωθυπουργός και αποτελεί το κύριο όργανο λήψης αποφάσεων σε ζητήματα που αφορούν την Ελληνική Εθνική Άμυνα, όπως για παράδειγμα η Πολιτική Εθνικής Άμυνας, η δομή και η ηγεσία των Ενόπλων Δυνάμεων, τα μείζονα προγράμματα προμήθειας και παραγωγής αμυντικών μέσων και υλικού, το Σύστημα Χειρισμού Κρίσεων και η ανάπτυξη των Ενόπλων Δυνάμεων για την κάλυψη των αναγκών της χώρας.
γ) Το Υπουργείο Εθνικής Άμυνας (ΥΠ.ΕΘ.Α) που είναι ο κυβερνητικός φορέας έκφράσης του οργανωτικού πλαισίου της διοίκησης των Ενόπλων Δυνάμεων.
Τα κύρια όργανα του ΥΠ.ΕΘ.Α, με τα οποία επιτελείται η διαμόρφωση και η άσκηση της Εθνικής Στρατιωτικής Στρατηγικής και ασκείται ο έλεγχος των Ενόπλων δυνάμεων είναι:
- Ο Υπουργός Εθνικής Άμυνας (Υ.ΕΘ.Α.).
- Οι Αναπληρωτές Υπουργοί Εθνικής Άμυνας (ΑΝ.Υ.ΕΘ.Α.)
- Ο Υφυπουργός Εθνικής Άμυνας (ΥΦ.ΕΘ.Α.).
- Ο Γενικός Γραμματέας ΥΠΕΘΑ.
- Το Συμβούλιο Άμυνας (ΣΑΜ).
- Το Συμβούλιο Αρχηγών Γενικών Επιτελείων (ΣΑΓΕ).
- Ο Αρχηγός Γενικού Επιτελείου Εθνικής Άμυνας (Α/ΓΕΕΘΑ).
- Τα Ανώτατα Συμβούλια των Κλάδων των Εvόπλων Δυνάμεων (ΑΣΣ-ΑΝΣ-ΑΑΣ).
- Οι Αρχηγοί των Γενικών Επιτελείων των τριών Κλάδων.
- Οι Ένοπλες Δυνάμεις της χώρας (Στρατός Ξηράς, Πολεμικό Ναυτικό και Πολεμική Αεροπορία).
- Η Διεύθυνση Ενημέρωσης.
- Η Γενική Διεύθυνση Οικονομικού Σχεδιασμού και Υποστήριξης (ΓΔΟΣΥ).
- Η Γενική Διεύθυνση Αμυντικών Εξοπλισμών και Επενδύσεων (ΓΔΑΕΕ).
- Η Γενική Διεύθυνση Πολιτικής Εθνικής Άμυνας και Διεθνών Σχέσεων (ΓΔΠΕΑΔΣ).
- Η Υπηρεσία Εσωτερικών Υποθέσεων (ΥΕΥ)
Ο Υπουργός Εθνικής Άμυνας (ΥΕΘΑ), ως πολιτικός προϊστάμενος του ΥΠΕΘΑ, είναι ο υπεύθυνος έναντι της Κυβέρνησης για τη διοίκηση και τον έλεγχο των Ενόπλων Δυνάμεων με στόχο την υλοποίηση της Πολιτικής Εθνικής Άμυνας. Μετέχει στο ΚΥΣΕΑ όπου εγκρίνει την Εθνική Στρατιωτική Στρατηγική, εισηγείται τη δομή διοίκησης και την μελλοντική δομή των Ενόπλων Δυνάμεων, αποφασίζοντας παράλληλα για τη δομή και οργάνωση τους, ενώ εισηγείται και τη μακροπρόθεσμη σχεδίαση και προγραμματισμό των εξοπλισμών.
Επιπρόσθετα αποφασίζει για την κατανομή και τη χρησιμοποίηση των πιστώσεων που διατίθενται με τον προϋπολογισμό, εγκρίνει προγράμματα προμηθειών των Ενόπλων Δυνάμεων και τεχνολογικής έρευνας, διοικεί, οργανώνει και ελέγχει τις Ένοπλες Δυνάμεις μέσω της ηγεσίας των Γενικών Επιτελείων, εκπροσωπεί το Υπουργείο στους Διεθνείς Οργανισμούς, καθορίζει τις Κατευθύνσεις Αμυντικής Σχεδίασης και έχει την αποκλειστική αρμοδιότητα της κυβερνητικής νομοθετικής πρωτοβουλίας για θέματα του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας.
Ο Υφυπουργός ή Υφυπουργοί Εθνικής Άμυνας (ΥΦΕΘΑ) και ο Γενικός Γραμματέας αποτελούν μαζί με τον ΥΕΘΑ την πολιτική ηγεσία του Υπουργείου και ασκούν τις αρμοδιότητες που τους ανατίθενται με κοινή απόφαση Πρωθυπουργού και Υπουργού Εθνικής Άμυνας. Οι αρμοδιότητες των ΥΦΕΘΑ εξειδικεύονται, μεταξύ άλλων, σε θέματα οικονομικά, υπηρεσιακής κατάστασης στελεχών, ασκήσεων των Ενόπλων Δυνάμεων, στρατολογίας και συνεργασίας με άλλους δημόσιους φορείς και Υπουργεία.
Ο Γενικός Γραμματέας του ΥΠΕΘΑ συμμετέχει στην πολιτική ηγεσία και συντονίζει τις Γενικές Διευθύνσεις, τις Διευθύνσεις του Υπουργείου και τα Γενικά Επιτελεία των τριών Κλάδων των Ενόπλων Δυναμεων. Παράλληλα, είναι υπεύθυνος για την εναρμόνιση, τον συντονισμό και τη μέριμνα των θεμάτων που αφορούν στο πολιτικό προσωπικό του ΥΠΕΘΑ, σύμφωνα με τις αρμοδιότητες που του μεταβιβάσθηκαν με απόφαση του ΥΕΘΑ, τις οποίες ασκεί μέσω της Διεύθυνσης Διοικητικής Υποστήριξης Πολιτικού Προσωπικού.
Το Συμβούλιο Άμυνας (ΣΑΜ) αποτελεί το ανώτατο συμβουλευτικό όργανο του Υπουργού Εθνικής Άμυνας σε θέματα δομής δυνάμεων, εξοπλιστικών και ερευνητικών προγραμμάτων, προϋπολογισμού και προγράμματος δημοσίων επενδύσεων και εκτίμησης καταστάσεων που, ενδεχομένως, επηρεάσουν την ασφάλεια ή τις σχέσεις της Χώρας με άλλα κράτη.
Συγκροτείται από τον ΥΕΘΑ, τον ΑΝΥΕΘΑ, τους Αρχηγούς Γενικών Επιτελείων Εθνικής Άμυνας, Στρατού, Ναυτικού, Αεροπορίας και τυχόν άλλα πρόσωπα που μπορεί να κληθούν από τον ΥΕΘΑ.
Το Συμβούλιο Αρχηγών Γενικών Επιτελείων (ΣΑΓΕ) αποτελείται από τους Αρχηγούς των Γενικών Επιτελείων Εθνικής Άμυνας, Στρατού, Ναυτικού, Αεροπορίας. Έχει αρμοδιότητα υποβολής εισηγήσεων ή γνωματεύσεων στον ΥΕΘΑ για θέματα εθνικής στρατιωτικής στρατηγικής, στρατιωτικής αξιολόγησης της κατάστασης, κατευθύνσεων αμυντικής σχεδίασης, δομής δυνάμεων των Ενόπλων Δυνάμεων, για το γενικό σχέδιο άμυνας της χώρας και τα διακλαδικά σχέδια δράσης των Ενόπλων Δυνάμεων και για τη διαμόρφωση διακλαδικών επιχειρησιακών δογμάτων και στρατιωτικών συμφωνιών.
Ο Αρχηγός Γενικού Επιτελείου Εθνικής Άμυνας (Α/ΓΕΕΘΑ) προΐσταται του ΓΕΕΘΑ και είναι ο κύριος σύμβουλος του ΚΥΣΕΑ και του Υπουργού Εθνικής Άμυνας για στρατιωτικά θέματα. Ασκεί την επιχειρησιακή διοίκηση των Διακλαδικών Στρατηγείων και των υπ’ αυτών υπαγομένων μονάδων καθώς και των υπολοίπων δυνάμεων, μέσω των Αρχηγών των Γενικών Επιτελείων για τις περιπτώσεις εφαρμογής των σχεδίων επιχειρήσεων και του Συστήματος χειρισμού Κρίσεων, διεξαγωγής επιχειρήσεων εκτός της επικράτειας και συμμετοχής των Ενόπλων Δυνάμεων για την αντιμετώπιση εκτάκτων καταστάσεων κατά την περίοδο της ειρήνης.
Συντάσσει την Εθνική Στρατιωτική Στρατηγική μετά από προτάσεις των Γενικών Επιτελείων των Κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων και σύμφωνα με τις κατευθύνσεις του Υπουργού Εθνικής Άμυνας, χειρίζεται και εισηγείται την προτεραιότητα των εξοπλιστικών προγραμμάτων και προτείνει τις γενικές κατευθύνσεις πολιτικής και τις προτεραιότητες για κάθε επιχειρησιακό στόχο.
Τα Ανώτατα Συμβούλια των Κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων (Ανώτατο Στρατιωτικό Συμβούλιο, Ανώτατο Ναυτικό Συμβούλιο και Ανώτατο Αεροπορικό Συμβούλιο) αποφασίζουν ή γνωμοδοτούν για διάφορα θέματα (οργανωτικά, επιχειρησιακά, εξοπλιστικά, διοικητικά, οικονομικά, κ.λ.π.) αρμοδιότητας του κλάδου τους.
Οι Αρχηγοί των Γενικών Επιτελείων (Στρατού, Ναυτικού, Αεροπορίας) (Α/ΓΕΣ, Α/ΓΕΝ, Α/ΓΕΑ αντίστοιχα) είναι υπεύθυνοι για την άρτια οργάνωση, επάνδρωση, εξοπλισμό, εκπαίδευση, αξιολόγηση και προπαρασκευή για πόλεμο, ετοιμότητα και χρησιμοποίηση του Κλάδων των, ως προϊστάμενοι αυτών, σύμφωνα με τις γενικές κατευθύνσεις και οδηγίες του Υπουργού Εθνικής Άμυνας και του Α/ΓΕΕΘΑ. Οι Αρχηγοί των Επιτελείων ασκούν πλήρη διοίκηση των Δυνάμεων των Κλάδων τους, εκτός εκείνων που έχουν διατεθεί στα Διακλαδικά Στρατηγεία και εισηγούνται την προώθηση των νομοθετικών και κανονιστικών διαταγμάτων που αφορούν σ’ αυτούς.
Η Διεύθυνση Οικονομικού Σχεδιασμού και Υποστήριξης (ΓΔΟΣΥ) συγκροτείται από την Διεύθυνση Ανθρωπίνου Δυναμικού και Περιβάλλοντος, την Διεύθυνση Οικονομικού και την Διεύθυνση Στρατιωτικής και Τεχνολογικής Υποστήριξης.
Η Διεύθυνση Αμυντικών Εξοπλισμών και Επενδύσεων (ΓΔΑΕΕ) συγκροτείται από την Διεύθυνση Αμυντικών Προγραμμάτων και Συμβάσεων, την Διεύθυνση Αντισταθμιστικών Ωφελημάτων και Διασφάλισης Ποιότητας και την Διεύθυνση Αμυντικών Επενδύσεων και Ερευνών.
Η Γενική Διεύθυνση Πολιτικής Εθνικής Άμυνας και Διεθνών Σχέσεων (ΓΔΠΕΑΔΣ) συγκροτείται από την Διεύθυνση Πολιτικής Εθνικής Άμυνας και την Διεύθυνση Διεθνών Σχέσεων.
Η λεπτομερής οργάνωση του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας προσδιορίζεται από το Νόμο 2292/1995, τον νόμο 3433/2006 και το Π.Δ. υπ’ αριθμόν 73 (Αρ.ΦΕΚ 76Α’, 10 Απριλίου 2006), συμπεριλαμβανομένων και τυχόν τροποποιήσεων, ο οποίος ωστόσο τελεί υπό αναθεώρηση, στο πλαίσιο της αναδιοργάνωσης και του εκσυγχρονισμού των Ενόπλων Δυνάμεων.